国家级研究机构
| 省部共建草原家畜生殖调控与繁育国家重点实验室 | 蒙古文智能信息处理技术国家地方联合工程研究中心 |
部级研究机构
| 内蒙古大学中华民族共同体研究中心 | 牧草与特色作物生物学教育部重点实验室 |
| 蒙古高原生态学与资源利用教育部重点实验室 | 内蒙古草地生态学重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地 |
| 典型草原生态系统教育部野外科学观测研究站 | 稀土无机能源催化化学学科创新引智基地 |
| 草原生态安全省部共建协同创新中心 | 乳制品质量安全控制技术教育部工程研究中心 |
| 生态大数据教育部工程研究中心 | 优良家畜规模化繁育技术教育部工程研究中心 |
| 蒙古国国情研究中心 | |
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| 能源材料化学研究院 | 生物医学研究院 |
自治区级研究机构
| 内蒙古地区社会历史文化研究基地 | 马克思主义中国化与民族发展研究中心 |
| 民族自治地方法制建设与社会发展研究基地 | 内蒙古地区经济可持续发展研究基地 |
| 信息技术与外语教学研究融合发展创新实践基地 | 内蒙古社会治理与创新研究基地 |
| 内蒙古自治区廉政研究中心 | “一带一路”沿线民族语言文字研究基地 |
| 蒙古国国情研究中心 | 内蒙古大学党内法规研究教育中心 |
| 内蒙古大学中华民族共同体研究中心 |
内蒙古作家中华民族共同体意识创作研究中心 |
内蒙古作家创作研究基地 |
时间利用调查与研究中心 |
| 内蒙古自治区元代文学与文化研究基地 | 中华优秀传统文化传承基地（射箭） |
| 内蒙古机关运行保障研究中心 | 内蒙古大学国家通用语言文字推广基地 |
| 内蒙古自治区草地生态学重点实验室 | 内蒙古自治区家畜繁殖生物技术重点实验室 |
| 内蒙古自治区高等学校稀土材料重点实验室 | 内蒙古自治区蒙药化学重点实验室 |
| 内蒙古自治区牧草与特色作物生物技术重点实验室 | 内蒙古自治区离子束生物工程重点实验室 |
| 内蒙古自治区稀土材料化学与物理重点实验室 | 内蒙古自治区无线网络与移动计算重点实验室 |
| 内蒙古自治区煤化工与煤炭综合利用重点实验室 | 内蒙古自治区蒙古文信息处理技术重点实验室 |
| 内蒙古自治区马铃薯工程技术研究中心 | 内蒙古自治区电子工程技术研究中心 |
| 自治区高校半导体光伏技术重点实验室 | 自治区高校马铃薯现代农业工程研究中心 |
| 自治区高校结构检测重点实验室 | 内蒙古自治区半导体光伏技术与能源材料重点实验室 |
| 内蒙古自治区社会计算与数据处理重点实验室 | 内蒙古自治区云计算与服务软件工程实验室 |
| 内蒙古自治区纳米科学与技术重点实验室 | 内蒙古自治区环境污染控制与废物资源化重点实验室 |
| 内蒙古自治区煤化工废水处理与资源化工程技术研究中心 | 内蒙古自治区中蒙药材规范化生产工程技术研究中心 |
| 内蒙古自治区桥梁监测与维修加固工程技术研究中心 | 内蒙古自治区精细有机合成重点实验室 |
| 内蒙古草原生态安全协同创新中心 | 内蒙古自治区细胞分子工程技术研究中心 |
| 内蒙古自治区细胞分子调控重点实验室 | 内蒙古自治区地缘经济数据工程技术研究中心 |
| 大数据分析技术内蒙古自治区工程实验室 | 内蒙古自治区河流与湖泊生态重点实验室 |
| 内蒙古自治区碳资源小分子催化转化利用工程技术研究中心 | 内蒙古自治区城市交通数据科学及应用工程技术研究中心 |
| 内蒙古自治区高校生物种质资源保护与利用工程研究中心 | 土木工程废弃物绿色资源化利用研究自治区高等学校重点实验室 |
| 草食家畜生物育种集成攻关大平台 | 生命健康研究及转化集成攻关大平台 |
| 能源材料化学集成攻关大平台 | 贺兰山复合生态系统内蒙古自治区野外科学观测研究站 |
| 锡林郭勒典型草原生态系统内蒙古自治区野外科学观测研究站 | 凉城县农牧交错带复合生态系统内蒙古自治区野外科学观测研究站 |
| 蒙古学研究中心 | 自治区协同创新中心 |
| 蒙古族及北方多民族文化传承与发展协同创新中心 | |
| 校级研究机构 |
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| 内蒙古地方立法研究中心 | 内蒙古自治区应急管理研究中心 |
| 民族地区大数据研究中心 | 内蒙古土地问题研究中心 |
| 区域经济研究中心 | 内蒙古大学乡村振兴研究院 |
| 产业经济研究中心 | 中蒙俄经济研究院 |
| 内蒙古大学草原文化遗产研究中心 | 内蒙古大学旅游规划与研究中心 |
| 蒙古史研究所 | 内蒙古近现代史研究所 |
| 蒙古史档案文献研究中心 | 蒙古高原历史地理研究中心 |
| 内蒙古大学居延遗址科技考古研究基地 | 蒙古语文研究所 |
| 蒙古文化研究所 | 内蒙古大学《江格尔》研究中心 |
| 内蒙古大学蒙藏文化研究中心 | 内蒙古大学北方民族古文字研究中心 |
| 《蒙古秘史》研究中心 | 社会语言学研究中心 |
| 契丹辽文化产业化研究中心 | 应用语言学研究院 |
| 内蒙古大学加拿大研究中心 | 内蒙古大学澳大利亚研究中心 |
| 内蒙古大学日本学研究中心 | 内蒙古大学美国研究中心 |
| 内蒙古大学外国语言文学研究基地 | 内蒙古翻译研究中心 |
| 内蒙古大学俄罗斯语言文化中心 | 内蒙古作家创作研究中心 |
| 口头传统研究协同创新中心 | 内蒙古元代文学研究基地 |
| 内蒙古大学中国系统哲学研究中心 | 内蒙古大学生态文明与社会发展研究基地 |
| 蒙古国研究中心 | 内蒙古自治区东北亚语言资源中心 |
| 北疆民族语言文化交融与传播研究中心 | 自然资源法治研究中心 |
| 内蒙古大学实验动物研究中心 | 内蒙古大学生物工程中心 |
| 内蒙古大学自然资源研究所 | 内蒙古大学马铃薯工程技术研究中心 |
| 内蒙古大学蒙古高原动物遗传资源研究中心 |
内蒙古光伏技术研究中心 |
内蒙古大学环境地质研究所 |
内蒙古大学特色药用资源糖化学研究中心 |
